Det oprindelige Odense Stålskibsværft er grundlagt af A.P. Møller i 1917. Dette værft var placeret nær Odense Havn. Siden blev produktionen flyttet ud til Lindø, hvor Lindøværftet blev indviet i 1959.
Værftet var en af de største arbejdspladser nær Odense Fjord og gjorde i 1960'erne det nærliggende Munkebo til en egentlig by. Tidligere var det blot et lille fiskerleje.
Siden 1969 har værftets karakteristiske portalkran kunnet ses over hele fjorden. På nær i en periode efter decemberstormen i 1999, som til stor overraskelse formåede at vælte kranen.
Som følge af faldende efterspørgsel valgte Lindøværftets ejer Mærsk i 2009 at opgive fremtidig skibsbygning på værftet fra og med 2012. Fremover skal det bruges til afprøvning af vedvarende energi-teknologier, såsom bølgeenergianlæg.
