Natten til fredag den 17. november 1950 brændte Søpavillonen. Hermed blev der sat et symbolsk punktum for øens første storhedstid som rekreativt område. På dette tidspunkt var pavillonen udlejet til familien Friis-Larsen, som var flyttet ind et par år tidligere. Parret havde tre børn på henholdsvis 2 måneder, 1½ år og 7 år. Familien boede sammen med restaurantens køkkenchef.
Den uheldssvangre nat vågnede fru Friis-Larsen kl. halv to og troede, at der var nogen i køkkenet. Da hun gik derud, opdagede hun flammerne, og hele familien var nødt til at springe ud af vinduet i soveværelset iført "det blotte linned". Da fru Friis-Larsen havde bragt børnene i sikkerhed, løb hun hen til et nærliggende sommerhus, hvorfra hun ringede til Falck og Odense Brandvæsen. Også den lokale færgemand, Færge-Hans, slog alarm, da han fra den anden side af kanalen kunne se flammerne slå ud gennem taget på pavillonen. Hele tre brandsprøjter og 30 brandmænd blev sendt af sted, men de var ude af stand til at redde selve bygningen – kun et træskur ved siden af den. Restauratørfamilien slap med livet i behold, men mistede næsten alt andet. Undtagen 150 kr., som blev fundet i fru Friis-Larsens ellers stærkt forkullede taske.
Efterforskningen
Kriminalpolitiets teknikere undersøgte først skorstenen og fandt ingen tegn på, at branden skulle være påsat. Så tilkaldte de forsikringsselskabernes elektricitetsekspert, civilingeniør Nielsen fra Hjallese. Han nåede til den samme konklusion. Ifølge Fyens Stiftstidende opstod branden måske i køkkenet. Her var der et stort komfur og en gnist fra dette kunne have antændt træværket. Også politiet vurderede først, at branden nok var opstået i køkkenet, hvor der foruden komfuret også stod et flaskegasanlæg. Imidlertid var der ikke fyret op i komfuret og Nielsen nåede frem til, at heller ikke gasanlægget var årsagen. Tilbage blev kortslutninger i pavillonens ledningsnet som den mest sandsynlige forklaring.
Søpavillonen blev aldrig genopbygget. 62 år senere blev der etableret et ishus på Stige Ø, som bærer Søpavillonens navn, men er noget mindre.
